Japón es el primer país donde fundamos una Misión. Llegamos el 18 de agosto de 1956, al puerto de Yokohama. Hemos trabajado en diversas comunidades y en la actualidad tenemos presencia en la Arquidiócesis de Tokio y en las diócesis de Sendai y Kioto.
Japón fue la primera Misión del Instituto, fundada en 1956. Se han atendido parroquias en diversas diócesis, entre las que destacan Sendai, Tokio y Kioto, donde se tiene presencia hasta la fecha.
Japón es una de las Misiones donde los alumnos del Seminario de Misiones pueden concluir su formación eclesiástica. El primero en hacerlo fue el P. Marco Antonio Martínez Franco, mg, enviado en 1968.
En la actualidad, junto al clero local, se trabaja con el catecumenado, se realizan actividades educativas, se atiende a inmigrantes y se colabora en el Departamento de Asuntos Sociales de la Conferencia del Episcopado Japonés.
En el año de 1958, los Misioneros de Guadalupe fundamos nuestra primera Misión en Japón, pero el primer grupo de sacerdotes MG llegó a tierras niponas en 1956.